<div dir="ltr">That would be great.<div><br></div><div>- Files (whole brain - not yet masked) are <a href="https://www.dropbox.com/sh/6qnrt2l2othc83g/AADBpc-eJSK5893Vrz_A8BS1a?dl=0">here</a></div><div><br></div><div>- Targets/labels are in the labels.mat file, it is binary classification, so one classes' samples are labeled by "1", the other classes by "2", the "7" are just the head movement parameters and can be ignored for classification<br></div><div><br></div><div>- I have included a struct image of the subject (subject2_struct.nii), as well as a mask for primary sensory cortex (S1_mask.nii)</div><div><br></div><div>I was attempting to reproduce this:</div><div><br></div><div><a href="http://www.pymvpa.org/examples/searchlight.html">http://www.pymvpa.org/examples/searchlight.html</a><br></div><div><br></div><div>including the plots, but my highest accuracies (1-error) were 1. outside of the brain:)) 2. I was not sure what the necessary background files were (I tried to guess and use similar ones I found elsewhere, but there was a dimension mismatch - is there a resampling method in the toolbox to match the dimensions?)</div><div><br></div><div>Many thanks, let me know if I can provide my (buggy?) script</div><div>Pegah</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 8, 2017 at 12:07 AM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:yoh@onerussian.com" target="_blank">yoh@onerussian.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Quick one... Just give a list of files to fmri_dataset pointing to those 3d volumes, and give a list of targets of matching length<div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On September 7, 2017 4:09:19 PM EDT, Pegah Kassraian Fard <<a href="mailto:pegahkf@gmail.com" target="_blank">pegahkf@gmail.com</a>> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am new to searchlight analysis, and would appreciate some feedback:</div><div><br></div><div>- Normally, I perform classification based on beta-files. Is it possible to perform the searchlight on these images, or is it required to input the 4-D epi-volumes?</div><div><br></div><div>- If the later is true, how are the names/onsets defined as an input for the searchlight?</div><div><br></div><div>Many thanks,</div><div>Pegah</div></div>
</blockquote></div><br></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
-- <br>
Sent from a phone which beats iPhone.</font></span></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>pkg-exppsy-pymvpa</a><br></blockquote></div><br></div>