<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear PYMVPA developers,<br><br></div>I have installed mvpa2 on my Debian computer, but cannot import mvpa2.suite for some reason.<br><br>>>> <b>import mvpa2.suite as mvpa2</b><br><br>Traceback (most recent call last):<br>  File "<stdin>", line 1, in <module><br>  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/suite.py", line 98, in <module><br>    from mvpa2.clfs.warehouse import *<br>  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/clfs/warehouse.py", line 357, in <module><br>    sklPLSRegression = _skl_import('pls', 'PLSRegression')<br>  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/clfs/warehouse.py", line 313, in _skl_import<br>    submod_ = __import__('sklearn.%s' % submod, fromlist=[submod])<br>ImportError: No module named pls<br><br><br></div>There is no error message for <br>>>> <b>import mvpa2 </b><br><br></div>Below is the output of <br><br>>>> <b>mvpa2.wtf()</b><br><br>/usr/lib/python2.7/dist-packages/nose/util.py:14: DeprecationWarning: The compiler package is deprecated and removed in Python 3.x.<br>  from compiler.consts import CO_GENERATOR<br>Current date:   2017-09-13 08:17<br>PyMVPA:<br> Version:       2.1.0<br> Hash:          828f4b4bea2488f8c7e3f6c2446a445d77325338<br> Path:          /usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/__init__.pyc<br> Version control (GIT):<br> GIT information could not be obtained due "/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/.. is not under GIT"<br>SYSTEM:<br> OS:            posix Linux 3.2.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.2.89-2<br> Distribution:  debian/7.11<br>EXTERNALS:<br> Present:       atlas_fsl, cPickle, ctypes, good scipy.stats.rdist, good scipy.stats.rv_discrete.ppf, griddata, gzip, h5py, ipython, liblapack.so, libsvm, libsvm verbosity control, lxml, matplotlib, mdp, mdp ge 2.4, nibabel, nose, numpy, pylab, pylab plottable, pywt, pywt wp reconstruct, reportlab, scipy, skl, statsmodels, weave<br> Absent:        atlas_pymvpa, cran-energy, elasticnet, glmnet, hcluster, lars, mass, nipy, nipy.neurospin, openopt, pprocess, pywt wp reconstruct fixed, rpy2, running ipython env, sg ge 0.6.4, sg ge 0.6.5, sg_fixedcachesize, shogun, shogun.krr, shogun.lightsvm, shogun.mpd, shogun.svmocas, shogun.svrlight<br> Versions of critical externals:<br>  reportlab   : 2.5<br>  nibabel     : 2.0.2<br>  matplotlib  : 1.1.1rc2<br>  scipy       : 0.10.1<br>  ipython     : 0.13.1<br>  skl         : 0.16.1<br>  mdp         : 3.4<br>  numpy       : 1.6.2<br>  ctypes      : 1.1.0<br>  matplotlib  : 1.1.1rc2<br>  lxml        : 2.3.2<br>  nifti       : failed to query due to "nifti is not a known dependency key."<br>  numpy       : 1.6.2<br>  pywt        : 0.2.0<br> Matplotlib backend: TkAgg<br>RUNTIME:<br> PyMVPA Environment Variables:<br>  PYTHONPATH          : ":/usr/lib/python2.7/lib-old:/usr/local/lib/python2.7/dist-packages:/data:/usr/lib/python2.7/lib-dynload:/usr/lib/python2.7/plat-linux2:/usr/lib/python2.7/dist-packages/gtk-2.0:/home/manelisa/.python27_compiled:/usr/lib/python2.7/dist-packages:/usr/lib/pymodules/python2.7:/usr/lib/python2.7/dist-packages/IPython/extensions:/usr/lib/python2.7:/usr/lib/python2.7/dist-packages/wx-2.8-gtk2-unicode:/usr/lib/python2.7/lib-tk:/usr/lib/python2.7/dist-packages/PIL"<br> PyMVPA Runtime Configuration:<br>  [general]<br>  verbose = 1<br>  <br>  [externals]<br>  have running ipython env = no<br>  have numpy = yes<br>  have scipy = yes<br>  have matplotlib = yes<br>  have h5py = yes<br>  have reportlab = yes<br>  have weave = yes<br>  have good scipy.stats.rdist = yes<br>  have good scipy.stats.rv_discrete.ppf = yes<br>  have pylab = yes<br>  have lars = no<br>  have elasticnet = no<br>  have glmnet = no<br>  have skl = yes<br>  have ctypes = yes<br>  have libsvm = yes<br>  have shogun = no<br>  have lxml = yes<br>  have nibabel = yes<br>  have atlas_fsl = yes<br>  have atlas_pymvpa = no<br>  have cpickle = yes<br>  have cran-energy = no<br>  have griddata = yes<br>  have gzip = yes<br>  have hcluster = no<br>  have ipython = yes<br>  have liblapack.so = yes<br>  have libsvm verbosity control = yes<br>  have mass = no<br>  have mdp = yes<br>  have mdp ge 2.4 = yes<br>  have nipy = no<br>  have nipy.neurospin = no<br>  have nose = yes<br>  have openopt = no<br>  have pprocess = no<br>  have pylab plottable = yes<br>  have pywt = yes<br>  have pywt wp reconstruct = yes<br>  have pywt wp reconstruct fixed = no<br>  have rpy2 = no<br>  have sg ge 0.6.4 = no<br>  have sg ge 0.6.5 = no<br>  have sg_fixedcachesize = no<br>  have shogun.krr = no<br>  have shogun.lightsvm = no<br>  have shogun.mpd = no<br>  have shogun.svmocas = no<br>  have shogun.svrlight = no<br>  have statsmodels = yes<br> Process Information:<br>  Name:    python<br>  State:    R (running)<br>  Tgid:    11329<br>  Pid:    11329<br>  PPid:    9870<br>  TracerPid:    0<br>  Uid:    1000    1000    1000    1000<br>  Gid:    1000    1000    1000    1000<br>  FDSize:    256<br>  Groups:    24 25 29 30 44 46 104 109 112 1000 <br>  VmPeak:      661320 kB<br>  VmSize:      661320 kB<br>  VmLck:           0 kB<br>  VmPin:           0 kB<br>  VmHWM:      111160 kB<br>  VmRSS:      111160 kB<br>  VmData:      128480 kB<br>  VmStk:         132 kB<br>  VmExe:        2396 kB<br>  VmLib:       64668 kB<br>  VmPTE:        1224 kB<br>  VmSwap:           0 kB<br>  Threads:    6<br>  SigQ:    0/257267<br>  SigPnd:    0000000000000000<br>  ShdPnd:    0000000000000000<br>  SigBlk:    0000000000000000<br>  SigIgn:    0000000001001000<br>  SigCgt:    0000000180000002<br>  CapInh:    0000000000000000<br>  CapPrm:    0000000000000000<br>  CapEff:    0000000000000000<br>  CapBnd:    ffffffffffffffff<br>  Cpus_allowed:    f<br>  Cpus_allowed_list:    0-3<br>  Mems_allowed:    00000000,00000001<br>  Mems_allowed_list:    0<br>  voluntary_ctxt_switches:    1627<br>  nonvoluntary_ctxt_switches:    217<br><br>>>> can't invoke "event" command:  application has been destroyed<br>    while executing<br>"event generate $w <<ThemeChanged>>"<br>    (procedure "ttk::ThemeChanged" line 6)<br>    invoked from within<br>"ttk::ThemeChanged"<br><br><br></div>Any advice on how to fix the problem will be greatly appreciated.<br></div>Thank you,<br></div>Anna.<br></div>