<div dir="ltr">I have just encountered this issue as well. After upgrading the server would not start with the same error message as the original server. I do use InnoDB databases by default.<div><br></div><div>Output of my syslog:</div>
<div><br></div><div><div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.</div><div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled</div>
<div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins</div><div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.7</div>
<div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 InnoDB: Using Linux native AIO</div><div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 16.0M</div>
<div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 InnoDB: Completed initialization of buffer pool</div><div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.</div>
<div>Dec 18 17:42:04 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:04  InnoDB: Waiting for the background threads to start</div><div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:05 InnoDB: 5.5.33 started; log sequence number 1595675</div>
<div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:05 InnoDB: !!! innodb_force_recovery is set to 1 !!!</div><div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: #007/usr/sbin/mysqld: File './mysql-bin.000116' not found (Errcode: 13)</div>
<div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:05 [ERROR] Failed to open log (file './mysql-bin.000116', errno 13)</div><div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:05 [ERROR] Could not open log file</div>
<div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:05 [ERROR] Can't init tc log</div><div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:05 [ERROR] Aborting</div><div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: </div>
<div>Dec 18 17:42:05 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:05  InnoDB: Starting shutdown...</div><div>Dec 18 17:42:06 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:06  InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1595675</div>
<div>Dec 18 17:42:06 localhost mysqld_safe[30287]: 131218 17:42:06 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete</div><div>Dec 18 17:42:06 localhost mysqld_safe[30287]: </div></div><div><br></div><div>I noticed the server was having issues finding mysql-bin.000116 although that file did exist in the data directory. Having found it I discovered the permissions for that file where set to root while the other files where set to mysql.</div>
<div><br></div><div><div>-rw-rw---- 1 mysql root      25977 Dec 18 17:33 mysql-bin.000113</div><div>-rw-rw---- 1 mysql root    1061358 Dec 18 17:33 mysql-bin.000114</div><div>-rw-rw---- 1 root  root      25977 Dec 18 17:41 mysql-bin.000115</div>
<div>-rw-rw---- 1 root  root    1061358 Dec 18 17:41 mysql-bin.000116 <----</div></div><div><br></div><div>Changing the permissions on these two files to mysql enabled the server to start.</div><div><br></div><div>That said doing apt-get upgrade afterwards to complete the upgrade and once creates another mysql-bin file with the wrong permissions and bails out reproducing the problem.</div>
<div><br></div><div>While I can't complete the configure stage I can now at least get the server running again. I hope this helps you to track down this bug.</div><div><br></div></div>