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        <title>Tables</title>
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<p /><table cellspacing="0" cellpadding="3">
<caption>debian-med.tsv</caption>
<tr>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">-1 == ignore,</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">S = Source files</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">A = Atomics</td>
<td  style=""></td>
</tr>
<tr>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">not relevant</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E = Embedded</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E = Embedded library code</td>
<td  style=""></td>
</tr>
<tr>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">F = False +ve</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">F = False +ve</td>
<td  style=""></td>
</tr>
<tr>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">L = Lowlevel</td>
<td  style=""></td>
</tr>
<tr>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">O = OtherOS</td>
<td  style=""></td>
</tr>
<tr>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">P = Performance</td>
<td  style=""></td>
</tr>
<tr>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Ubuntu</td>
<td  style=""></td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">S = Symbols/sections etc.</td>
<td  style=""></td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Package name</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Version</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Priority</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Type</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Function</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Comments</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">abyss</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">1.3.4-2</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">20</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">P</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Biology package; embedded x86 asm for popcnt; low priority for LEG</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">bowtie</td>
<td  style=""></td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">20</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">A</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">ultrafast, memory-efficient short read aligner (science apps); x86 asm for atomics, no threading in the code otherwise; needs porting, but not a priority</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">emboss</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">6.4.0-4</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">F</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">F</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Biology package; scanner confused by test data files with .s suffix</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">genometools</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">1.4.2-4</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">P</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">genome analysis toolkit; x86 asm in embedded libs (zlib, sqlite); no direct porting needed</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">ginkgocadx</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">2.12.0.4889-1ubuntu1</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">L</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Medical Imaging Software; asm in embedded copy of sqlite; no direct porting needed</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">gmap</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">2012-06-12-1ubuntu1</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">20</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">P</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Biology software; x86 asm for bitwise ops; not a priority</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">gromacs</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">4.5.5-2</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">10</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">SE</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">P</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Scientific modelling package; asm for performance for some arches, but not A32/A64</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">jellyfish</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">1.1.5-1</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">−1</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">P</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">genetics analysis; only supported on x86-64 because of internal fast maths routines; IGNORE</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">maude</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">2. 6. 02</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">20</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">P</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">framework/language for logic specification and programming; optional x86 asm for performance in embedded copy of dlmalloc; low priority</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">mothur</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">1.24.1-1</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">F</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">F</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">scientific sequence analysis suite; x86 asm for timer access, actually unused</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">octave</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">3.6.2-5</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Embedded copy of gnulib; no direct porting needed</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">paraview</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">3.14.1-7</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">SE</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">Scientific visualisation tool; asm for performance in embedded libs (libpng, freetype, theora, sqlite, vtk); no direct porting needed AFAICS</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">praat</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">5.3.16-1</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">speech analysis and synthesis; asm in embedded codecs/libs (mad/mp3, flac, gsl, portaudio); no direct porting needed</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">r-base</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">2.15.2-1ubuntu1</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">0</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">SE</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">EO</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">GNU R statistical computation; asm in embedded libs (zlib/pcre/xz/valgrind/xdr/gettext), Windows support; no direct porting needed</td>
</tr>
<tr>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">ugene</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">1.9.8+repack-0ubuntu4</td>
<td  valign="bottom"  align="right"  style=" font-size:10pt;">20</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">E</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">ALOP</td>
<td  valign="bottom"  align="left"  style=" font-size:10pt;">integrated bioinformatics toolkit; optional x86 asm for CPUID, optional x86 asm for atomics with fallback to pthreads, (disabled) x86 asm for maths performance, Windows asm for debugging and timer access; would perform better with porting, but not a priority</td>
</tr>
</table>
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