<html><font size="3"><span style="font-family: serif;">Subject: Re: weave
compilation fails<br>
Package: python-scipy<br>
Version: 0.7.0-2+b1<br>
Severity: normal<br>
<br>
*** Please type your report below this line ***<br>
<br>
This bug is fixed in the package "libblitz0-dev".<br>
<br>
So my solution is use this package to replace blitz++ in python-scipy:<br>
cunzhang@Debian:~$ sudo apt-get install libblitz0-dev<br>
cunzhang@Debian:~$ sudo rm -r
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz<br>
cunzhang@Debian:~$ sudo ln -s /usr/include/blitz&nbsp;
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz<br>
<br>
Another way is to fix python-scipy source with the patch from
</span></font><font size="3"><span style="font-family: serif;"><a
href="http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=455661">http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=455661</a>,<br>
and recompile it.<br>
</span></font><br>
<font size="3"><span style="font-family: serif;"><br>
Then weave works well.<br>
<br>
</span></font><font size="3"><span style="font-family: serif;"><span
style="font-family: Arial;">Dear Maintainers, I have a question there. Is
the blitz++ library</span> in the "python-scipy" package same as those
files in the package "</span></font><font size="3"><span
style="font-family: serif;">libblitz0-dev"?<br>
If so, why not doing a depend to libblitz0-dev&nbsp; for python-scipy ?<br>
<br>
Thank you!<br>
<br>
Cun Zhang<br>
</span></font><font size="3"><span style="font-family: serif;"><br>
<br>
<br>
====Error message====<br>
In file included from
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/applics.h:394,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vecexpr.h:26,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vecpick.cc:16,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vecpick.h:287,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vector.h:443,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/tinyvec.h:424,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array-impl.h:38,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array.h:26,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /home/cunzhang/.python25_compiled/sc_9fa2bd3407c2f075f1c56212f3e784ad0.cpp:11:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/mathfunc.h: In
static member function ‘static long int blitz::_bz_abs&lt;long
int&gt;::apply(long int)’:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/mathfunc.h:45:
error: ‘labs’ is not a member of ‘std’<br>
In file included from
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array/funcs.h:23,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array/newet.h:23,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array/et.h:21,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array-impl.h:2509,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array.h:26,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /home/cunzhang/.python25_compiled/sc_9fa2bd3407c2f075f1c56212f3e784ad0.cpp:11:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h: In static
member function ‘static int blitz::Fn_abs&lt;int&gt;::apply(int)’:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h:503:
error: call of overloaded ‘abs(int&amp;)’ is ambiguous<br>
/usr/include/c++/4.4/cmath:94: note: candidates are: double
std::abs(double)<br>
/usr/include/c++/4.4/cmath:98:
note:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; float std::abs(float)<br>
/usr/include/c++/4.4/cmath:102:
note:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; long double std::abs(long double)<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h: In static
member function ‘static long int blitz::Fn_abs&lt;long int&gt;::apply(long
int)’:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h:524:
error: ‘labs’ is not a member of ‘std’<br>
In file included from
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/applics.h:394,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vecexpr.h:26,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vecpick.cc:16,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vecpick.h:287,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/vector.h:443,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/tinyvec.h:424,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array-impl.h:38,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array.h:26,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /home/cunzhang/.python25_compiled/sc_9fa2bd3407c2f075f1c56212f3e784ad0.cpp:11:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/mathfunc.h: In
static member function ‘static long int blitz::_bz_abs&lt;long
int&gt;::apply(long int)’:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/mathfunc.h:45:
error: ‘labs’ is not a member of ‘std’<br>
In file included from
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array/funcs.h:23,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array/newet.h:23,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array/et.h:21,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array-impl.h:2509,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/array.h:26,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from /home/cunzhang/.python25_compiled/sc_9fa2bd3407c2f075f1c56212f3e784ad0.cpp:11:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h: In static
member function ‘static int blitz::Fn_abs&lt;int&gt;::apply(int)’:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h:503:
error: call of overloaded ‘abs(int&amp;)’ is ambiguous<br>
/usr/include/c++/4.4/cmath:94: note: candidates are: double
std::abs(double)<br>
/usr/include/c++/4.4/cmath:98:
note:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; float std::abs(float)<br>
/usr/include/c++/4.4/cmath:102:
note:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; long double std::abs(long double)<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h: In static
member function ‘static long int blitz::Fn_abs&lt;long int&gt;::apply(long
int)’:<br>
/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz/blitz/funcs.h:524:
error: ‘labs’ is not a member of ‘std’<br>
Traceback (most recent call last):<br>
&nbsp; File "wtest.py", line 13, in &lt;module&gt;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
weave.inline(code,['a'],type_converters=weave.converters.blitz)<br>
&nbsp; File "/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/inline_tools.py",
line 335, in inline<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; **kw)<br>
&nbsp; File "/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/inline_tools.py",
line 462, in compile_function<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; verbose=verbose, **kw)<br>
&nbsp; File "/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/ext_tools.py",
line 365, in compile<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; verbose = verbose, **kw)<br>
&nbsp; File "/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/build_tools.py",
line 272, in build_extension<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; setup(name = module_name, ext_modules =
[ext],verbose=verb)<br>
&nbsp; File "/usr/lib/python2.5/site-packages/numpy/distutils/core.py",
line 184, in setup<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; return old_setup(**new_attr)<br>
&nbsp; File "/usr/lib/python2.5/distutils/core.py", line 168, in setup<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; raise SystemExit, "error: " + str(msg)<br>
scipy.weave.build_tools.CompileError: error: Command "g++ -pthread
-fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -fPIC
-I/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave
-I/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/scxx
-I/usr/lib/python2.5/site-packages/scipy/weave/blitz
-I/usr/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include
-I/usr/include/python2.5 -c
/home/cunzhang/.python25_compiled/sc_9fa2bd3407c2f075f1c56212f3e784ad0.cpp
-o
/tmp/cunzhang/python25_intermediate/compiler_5d6a6990cef58488c417b53617f48c12/home/cunzhang/.python25_compiled/sc_9fa2bd3407c2f075f1c56212f3e784ad0.o" failed with exit status 1<br>
<br>
========<br>
<br>
</span></font><font size="3"><span style="font-family: serif;">Test
script:<br>
<br>
#/usr/bin/python<br>
from scipy import weave<br>
from scipy import *<br>
a=zeros((3,3))<br>
code=r"""<br>
int i,j;<br>
for(i=0;i&lt;3;i++){<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; for(j=0;j&lt;3;j++){<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; a(i,j)=i+j;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>
}<br>
"""<br>
weave.inline(code,['a'],type_converters=weave.converters.blitz)<br>
print a<br>
<br>
</span></font><font size="3"><span style="font-family: serif;">========<br>
-- System Information:<br>
Debian Release: squeeze/sid<br>
&nbsp; APT prefers unstable<br>
&nbsp; APT policy: (500, 'unstable'), (500, 'testing'), (1,
'experimental')<br>
Architecture: amd64 (x86_64)<br>
<br>
Kernel: Linux 2.6.30-2-amd64 (SMP w/4 CPU cores)<br>
Locale: LANG=zh_CN.UTF-8, LC_CTYPE=zh_CN.UTF-8 (charmap=UTF-8)<br>
Shell: /bin/sh linked to /bin/dash<br>
<br>
Versions of packages python-scipy depends on:<br>
ii&nbsp;
libamd2.2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1:3.4.0-1&nbsp;&nbsp;&nbsp; approximate minimum degree orderin<br>
ii&nbsp; libatlas3gf-base [liblapack 3.6.0-24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Automatically Tuned Linear Algebra<br>
ii&nbsp; libblas3gf [libblas.so.3gf]
1.2-4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Basic Linear Algebra
Subroutines 3<br>
ii&nbsp;
libc6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.10.2-6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Embedded GNU C Library: Shared lib<br>
ii&nbsp;
libgcc1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1:4.4.3-3&nbsp;&nbsp;&nbsp; GCC support library<br>
ii&nbsp;
libgfortran3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.4.3-3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Runtime library for GNU Fortran ap<br>
ii&nbsp; liblapack3gf [liblapack.so. 3.2.1-2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
library of linear algebra routines<br>
ii&nbsp;
libstdc++6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.4.3-3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The GNU Standard C++ Library v3<br>
ii&nbsp;
libumfpack5.4.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1:3.4.0-1&nbsp;&nbsp;&nbsp; sparse LU factorization library<br>
ii&nbsp;
python&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.5.4-9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; An interactive high-level object-o<br>
ii&nbsp;
python-central&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6.14+nmu2&nbsp; register and build utility for Pyt<br>
ii&nbsp;
python-numpy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1:1.3.0-3+b1 Numerical Python adds a fast array<br>
<br>
Versions of packages python-scipy recommends:<br>
ii&nbsp; g++
[c++-compiler]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4:4.4.3-1&nbsp; The GNU C++ compiler<br>
ii&nbsp; g++-4.3 [c++-compiler]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4.3.4-8&nbsp;&nbsp;&nbsp; The GNU C++ compiler<br>
ii&nbsp; g++-4.4 [c++-compiler]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4.4.3-3&nbsp;&nbsp;&nbsp; The GNU C++ compiler<br>
<br>
Versions of packages python-scipy suggests:<br>
pn&nbsp;
python-profiler&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;none&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (no description available)<br>
<br>
-- no debconf information<br>
</span></font><br>
</html>